清人所编撰的《明史》虽某些记载的确不可信，如涉及到满族的兴起、立国等就存在着偏颇之处，但大部分记载还是较为可信的，不会错的太离谱。毕竟以当时的环境，如果清人将明史修的过于离谱，并肆意篡改明史，这势必会引起故明遗民的反弹，必十分不利于清廷的统治。
再者，当时清朝早已一统天下，明朝早已成为历史，此时除了关于满族的历史，清朝可能需要修改，但其他的，清朝完全没必要去过多的更改，这就是吃力不讨好的事情。因此，对于大规模去篡改明史一事，清朝没必要这么做，也不可能这么做。
况且，关于袁崇焕被凌迟一事，除了《明史》有记载，其他的一些史书中亦有记载。如《明季北略》载：“时百姓怨恨，争啖其肉，皮骨已尽，心肺之间叫声不绝，半日而止”；《廿二史札记》载：“杨监奔还大内，告于帝；帝深信不疑，遂磔崇焕于市”；《罪惟录》载：“其时群论哗言，无知之良辈争啖其肉以食其恨”；《崇祯长编》载：“于镇抚司绑发西市，寸寸脔割之。割肉一块，京师百姓从刽子手争取生啖之 ”。
可以说，关于袁崇焕之死，无论是官方编撰的史书，还是民间编撰的史书，无一例外都说袁崇焕是被凌迟而死的。由此可知，袁崇焕的确如同《明史》所言，是被崇祯皇帝下令凌迟而死的，这确是不假。
因此，袁崇焕是以什么样的方法死亡的，这并没有什么好说的。
我们现在来说说，崇祯为何要以凌迟这样残酷的刑罚来处死自己曾经信赖无比的袁崇焕呢？
首先，袁崇焕失去了崇祯的信任。
众所周知，崇祯继位后大力铲除阉党，勤于政事，生活节俭，厉行节俭，平反冤狱，为大明天下曾六下罪己诏，是个年轻有为之君。但是，因年幼时那段不幸的经历，造就其性格是“性多疑而任察，好刚而尚气”，就是性格多疑，不信任何人，且容易被他人言语左右。
虽然，在崇祯在位之时，他曾感叹：“临朝浩叹，慨然思得非常之材，而用匪其人，益以偾事”，就是崇祯希望能得到非常之材，但却未能如愿，常常是所用非人。崇祯虽希望能得到有用之材，可真到用人时，他往往是“任察则苛刻寡恩，尚气则急遽失措” ，在位十七年，小学教育网，所杀大臣是不计其数，包括总督7人，巡抚11人，内阁重臣更替更是频繁，先后用了五十人左右。试问就是这样猜忌的崇祯，他如何能得到非常之材呢？
最初，崇祯的确是很信任袁崇焕的，崇祯四月登基，七月就诏袁崇焕来朝，咨以方略。在讨论如何平定辽东之乱时，袁崇焕的平辽方略让崇祯是十分满意，为此，崇祯与袁崇焕说道：“复辽，朕不吝封侯赏。卿努力解天下倒悬，卿子孙亦受其福”，大意就是只要袁崇焕能帮助他平定辽东，封侯拜相不在话下，其子孙更是能永享富贵。
可以说，在最初，因袁崇焕“计五年，全辽可复”的豪言壮语，所以他是很得负有雄心壮志的崇祯的信任。但是，如前文所说，崇祯虽是有为之君，但却也是一个多疑之君，一旦在这五年间，袁崇焕出现任何的差错，崇祯对他的信任就会荡然无存。
事实上，最后事情的发展，也的确如上所说。
崇祯二年十月，就是在袁崇焕先斩后奏斩杀毛文龙的三个月后，皇太极轻装简行率军突然绕开了袁崇焕苦心经营的关宁锦防线，取道内蒙，直逼京师，这就是历史上著名的“己巳之变”。己巳之变是明与清交战以来，清军第一次攻击北京，直接威胁到崇祯的安全，及明朝的国本，这个事件出现后，再加上他曾经在不经请奏就直接杀掉毛文龙的做法，其导致的最直接的后果就是崇祯对袁崇焕的看法发生了根本的改变，由曾经的宠信变成了不满。
其次，在已经让崇祯不满的情况下，袁崇焕在没有征得崇祯的前提下，擅自与后金议和的事情又被人揭发，他曾“遣使报之，崇焕欲议和，以书附使者还报”。此后，在“己巳之变”后，皇太极又放出风说，他绕过关宁锦防线，是与“袁巡抚有密约”，其兵困京城是为了迫使朝廷同意袁崇焕与后金的和谈。此外，皇太极为了让这个谎言能更加真实，他还故意让被俘“获明太监二人”偷听到袁与后金私下交易的信息，然后故意让他们逃走，以此让他们有机会“详奏明帝”。
如此，随着这些事情的发生，这更是让崇祯由不满直接变成了猜忌。
随后，在崇祯完全不信任袁崇焕的情况下，再随着朝中重臣和民间百姓都认为袁崇焕可杀的局势下，袁崇焕不可避免的就走向了死亡。当时，在该如何处置袁崇焕时，崇祯曾征询阁臣及文武诸臣的意见：“卿等已知之，今法司罪案云何？诸巨顿首惟命”，而当时多数重臣的回答都是：“其罪不宥”。同时，当时，不但是朝堂上支持杀袁崇焕，在民间亦也是支持杀袁崇焕，自己巳之变发生后，民间一直都有着“都人骤遭兵，怨谤纷起，谓崇焕纵敌拥兵”的传闻，因此，基于这个说法，时百姓都认为袁崇焕是咎由自取，而正是因为大多数百姓都秉持着这个想法，也才有了“于镇抚司绑发西市，寸寸脔割之。割肉一块，京师百姓从刽子手争取生啖之 ”的景象。
最后，在袁崇焕下狱后，部将祖大寿、何可纲率数万关宁兵哗变，崇祯诏谕祖大寿，让其安抚兵士，可“祖大寿拒不从命”。后，崇祯又让孙承宗去安抚哗变兵士，“孙承宗亦令游击石柱国驰抚诸军”，可袁军亦然是不听命令，且更是“持弓刀相向”。而就在这关头，皇帝圣旨都不能安抚哗变将士的时候，袁崇焕一纸手书居然就能让袁军停止哗变。想想看，对于崇祯来说，这是何等的屈辱，将士们只知有袁督师而不知有崇祯帝，袁督师的一纸手令竟比圣旨还能奏效，这让崇祯如何不愤怒，如何能放过袁崇焕？所谓“诸有利于封疆者，皆不利于此身者也”，自此袁崇焕的命运可想而知。
如此，正是基于崇祯对袁崇焕起了猜忌，认为袁崇焕在欺骗他，在愚弄他，再加上兵变这件事，而后满朝文武，及黎民百姓又都认为袁崇焕该杀的情况下，袁崇焕不可避免的就走向了毁灭。崇祯三年（1630年）八月，袁崇焕被崇祯下令凌迟处死。
回答这个问题之前，我们先来统一一下史学观。研究历史，就是要研究以各类历史文献为基础的材料，包括正史，野史，考古发现和各类史学论文等，而正史是最主要的研究材料。当其他材料记载与正史记载相吻合时，我们即可认定这段历史记载的真实性。当然，历史是任人打扮的小姑娘，史书记载是否就是史实，就仁者见仁智者见智了，毕竟太史公也有自己的小心思。当其他材料记载与正史记载不吻合时，我们就要做出自己的判断，这也就是历史研究领域和考古研究领域有学术冲突的根源所在。简单地说，研究三国史，我们首先要研究的就是《三国志》和裴松之的注，肯定不可能是《三国演义》这类连野史都算不上的小说。
回到本题，要研究袁崇焕是不是被凌迟处死，首先去看明史中的记载。明史是清人所编不假，但也是正史，如果不从正史着手，就会感觉无从下手，还会被庞杂的支线材料剥离得离史实越来越远。明史中记载，袁崇焕是被凌迟处死，我们再去找其他的辅助材料，如果没有能够充分证明袁崇焕不是被凌迟处死的历史材料，那么我们宁可相信，这就是史实。
最后，每个人心中都会有自己对历史人物的研判，或者说是幻想。袁崇焕是忠？是奸？是忠君爱国？还是佣兵自重？是沉冤未雪？还是罪有应得？您是怎么认为的呢？
依照惯例，前朝历史后朝修！历史都是由胜利者书写！很多时候史书记载时往往会有利于胜利方，甚至故意抹黑失败方，让一些历史史实模糊不清，出现让后人争议的情况。
回归到题主所问，袁崇焕被崇祯皇帝下令凌迟处死是可信的。因为袁崇焕在“北京保卫战”中的种种表现，让崇祯皇帝认为袁崇焕勾结皇太极，通敌叛国。仅凭这一条，就足以让袁崇焕遭受凌迟这样的极刑。
备受争议的边防统帅袁崇焕。
袁崇焕是明末著名的抗清将领，也是一个备受争议之人。有的人认为他坚守宁远城，守护着明朝在关外的最后一道防线，堪称名族英雄。而有的人则认为他通敌叛国，乃是名族罪人。
袁崇焕一生最大的功绩莫过于提出修筑宁远城，并且接连取得了宁远大捷、宁锦大捷，让后金努尔哈赤至死都未攻破宁远城，抑郁而终。《清太祖武皇帝实录》中就有相关记载：
让努尔哈赤这样征战沙场数十年、经验丰富的英雄人物都含恨而终，可见袁崇焕的能力是值得肯定的。他对于明朝边防做出的贡献是显著，不可磨灭的。
之所以让袁崇焕背上“叛国通敌”罪名的还是因为那场“北京保卫战”。袁崇焕进京勤王并击退了后金皇太极的军队，原本乃是有功之臣。然而后金退兵后袁崇焕却被崇祯皇帝治罪。而罪名就是袁崇焕故意放皇太极的军队入关，勾结后金皇太极，通敌叛国。加上袁崇焕之前擅自斩杀毛文龙，两罪并罚，被处以极刑。
被凌迟处死的袁崇焕。
崇祯皇帝出了名的疑心重，听信了朝中大臣们对袁崇焕的诽谤，最终下令将袁崇焕凌迟处死。
所谓凌迟：中国古代的一种刑罚，即民间所说的“千刀万剐”。凌迟用于死刑名称，是指处死人时将人身上的肉一刀刀割去，是一种肢解的惩罚，即包含身体四肢的切割、分离。
就袁崇焕所背负的罪名，结合当时明朝末年所处的境遇，被凌迟处死也是极为正常的。据说袁崇焕所受凌迟之刑，身上割了3543刀，创造了大明律的纪录，之后再未被打破。
一代爱国将领、名族英雄落得如此凄惨的下场，可见明朝末年的崇祯皇帝之昏庸、政府之腐败已经深入骨髓，大明朝注定离退出历史舞台已近在咫尺。
首先说明，明史是中国最不可信的，满清本就名不正言不顺，篡改历史那是不惜余力，所以明史必须得分析着看，结合其他明朝书籍，但是，关于袁崇焕，反间计不可信，凌迟处死倒是也很有可能，因为诛杀毛文龙是他擅自作主，让满清没有后顾之忧，对后来满清入侵中原埋下伏笔，而且这段历史清朝史官没有完全否定，以隐喻的方法进行了表达，袁崇焕的传记里面一堆人，鱼目混珠，说明清朝初期没人把他当回事，人家孙承宗可是自己单独立传，孰轻孰重一目了然。后来乾隆这货为了证明崇祯犯二（崇祯有血性能力也缺失一般，注定不是救世之君）才编出反间计。
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